井戸水でよく出るのが一般細菌です。特に井戸掘り直後などは高い数値で出やすい項目です。
一般細菌は基本的に無害な菌の総称で、特定の病気を引き起こすような菌ではありません。私たちの手のひらなどにも同じような菌が存在しています。
一般細菌の入った水を飲んでも大丈夫？
水質基準値は100個/ml以下です。水質検査をせずに井戸水を長年飲んでいて、何かのタイミングで「水質検査をすると一般細菌が100以上あった」ということがよくあります。
採水の仕方（結構デリケートです）で検出されてしまうこともありますが、個人的には100～200くらいの数値であれば問題ないのかなと思います。
しかし口に入る水としては基準値を超えると気持ちいいものではありません。
対策として一番確実なのは「塩素滅菌」です。
井戸ポンプ直後に塩素滅菌装置を取り付けて、原水中に次亜塩素酸ナトリウムを少しずつ打ち込みます。
配管の中で十分に塩素がなじめば、水がお家の中に入ってくるときには一般細菌は無くなっています。
滅菌効果は確実ですが、塩素薬液の補充や薬液の希釈など、、、メンテナンスが必要です。
基本的に井戸水で使用する薬液は塩素ということもあり、サビや部品の詰まりなどは起きやすいかもしれません。
また塩素を入れることで、宅内で塩素臭くなったり副生成物としてトリハロメタンや塩素酸なども気になります。
井戸原水に鉄分が多い場合は、塩素によって赤水になる可能性もあります。
これについては塩素で十分殺菌された後に、活性炭フィルターで残留塩素を除去する方法もあります。